이 협의회는 기본적인 문제점을 도외시한 주치의 제도의 도입은 기초가 부실한 사상누각과 다름이 없어 혼란만 가중시킬 뿐 아니라 일차의료의 강화에 전혀 도움이 안되므로 단호히 반대한다는 입장과 함께 의료인력의 수급조절, 의료전달체계의 확립, 의료보험수가의 현실화 등 기본적인 여건이 정비된 이후에 이의 도입을 검토하는 것이 타당하다는 의견을 제시했다.
협의회는 `주치의 등록제에 대한 우리의 입장'에서 주치의 등록제는 강력한 통제 아래 의료기관간의 기능분담에 의한 의료전달체계가 확립된 여건에서 효과를 거둘수 있는 제도로 현재와 같이 의료전달체계가 확립돼 있지 않은 우리나라로서는 이 제도를 시행할 경우 국민의 의료 이용불편과 의료비 부담만 가중시킬 뿐 아니라 의료기관에 대한 불신만 조장할 위험이 있다고 지적했다.
특히 의사의 70% 이상이 전문의로 1차 포괄 의료를 내용으로 하는 이 제도를 시행할 경우 전문 기술의 사장으로 의료 질의 하향 평준화가 이루어지고, 아울러 의료기관에 `부익부, 빈익빈' 현상을 초래, 의료기관간의 갈등을 조장할 뿐만 아니라 의료기관간에 등록환자 유치를 위한 경쟁을 유발, 의료질서를 파괴할 우려가 있다고 주장했다.
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