대한의사협회는 보건의료와 복지정책을 모두 관장하는 현재 보건복지부의 한계로 인해 효율적인 정책추진이 이루어지지 못하고 있으며, 보건의료정책이 다양한 부처에 산재되어 종합적인 정책조정기능도 부재할 뿐 아니라 보건의료정책 비전문가들로 정책결정이 이뤄지고 있다는 문제를 인식한다. 

특히, 국가 보건의료체계를 설계하고, 국민건강을 최우선으로 생각해야 하는 보건복지부장관에는 보건의료전문가가 배제되어 지속가능한 국가 보건의료정책 설계 및 국민건강 증진을 위한 정책수립 동력이 마련되지 않고, 국민건강과 보건의료정책은 정책 후순위로 밀리는 현상에 대해 우려를 표명한다. 

따라서 각 부처에 산재된 보건의료정책을 통합 조정하고, 현재 보건복지부 직제 조정을 통해 보건의료, 예방 및 건강증진, 건강보험, 공공의료, 기초의료보장, 노인요양, 보건의료산업, 의료기기, 제약산업, 뷰티산업 등의 조직을 분리하여 보건부를 신설할 것을 제안한다.

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