한국조세연구원 손원익 연구원은 '재정포럼' 최신호에 기고한 보고서 '의료기관 조세정책의 현황과 정책방향'에서 "의료기관은 공익성이 요구되는 비영리 기관이라는 공통점에도 불구하고 의료기관에 대한 과세제도가 여러 가지 복잡한 제도로 얽혀 형평성을 잃고 있는 것으로 나타났다.
19일 한국조세연구원 손원익 연구위원이 재정포럼 3월호에 기고한 '의료기관 조세정책의 현황과 정책방향'이라는 보고서에 따르면 의료기관 관련 세금은 10개가 있으나 설립 근거법, 관할 정부 부처, 병원의 성격, 법인 운영 형태 등에 따라 세금이달리 매겨지고 있다.
의료기관은 공익성이 요구되는 비영리 기관이라는 공통점에도 불구하고 각종 세제가 다르게 적용돼 불이익을 받는 경우가 발생하고 있으며 이로 인해 시장 개방에대비해 경쟁력을 키우기가 힘들다고 손 위원은 지적했다.
우선 의료기관 형태별로는 사단 및 재단법인과 의료법인은 사회복지법인과 학교법인에 비해 사업준비금에 대한 세금이 2배 이상 높고 재산세와 종합토지세 등 지방세 비과세 혜택도 못받고 있다.
일례로 아산재단이 운영하는 중앙병원과 삼성사회복지법인이 운영하는 삼성의료원은 같은 의료행위를 하지만 중앙병원은 재단 형태여서 상대적으로 세제상의 불이익을 받고 있다.
또 의료업은 의사와 간호사, 조무사 등 많은 인력이 투입되는 노동집약적인 업종임에도 불구하고 종업원수가 200인 미만일 때에만 중소기업으로 분류돼 제조업 등에 비해 차별을 받고 있다.
제조업의 경우 종업원수가 300인 미만이면 중소기업으로 분류돼 전체 제조업에서 중소기업이 차지하는 비율이 96%로 의료기관의 중소기업 비율 73%를 크게 웃돌고있다.
중소기업 세액감면제도에서도 의료기관은 다른 업종의 절반인 10%의 세액감면만 인정되고 있다.
이와 함께 첨단의료기기에 대해 관세를 65~85%까지 경감할 수 있도록 규정한 조세특례제한법이 올해부터 폐지돼 의료기관들의 의료기기 구입 부담이 늘어났다.
손 위원은 따라서 의료기관에 대한 과세는 법인 정관과 서비스 내용, 운영 행태등 공익적 요소들을 평가한 뒤 점수를 매겨서 세제에 차등을 두는 방안이 바람직하다고 제안했다.
그는 또 의료시장 개방에 대비해 의료기관을 ▲출자가 인정되는 영리병원 ▲의료전문법인 영리병원 ▲경제특구 내의 영리병원 ▲주식회사 형태의 영리병원 등으로구분해 과세 방안을 마련할 필요가 있다고 밝혔다.
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