식품의약품안전청이 최근 5년간 2450억원을 R&D 사업에 투자했음에도 불구하고 기술료 수입은 단 1건, 96만원에 그치는 등 R&D 예산을 부적절하게 집행하고 있다는 지적을 받았다．
한나라당 유재중 의원은 식약청으로부터 제출받은 '최근 5년간 R&D 사업현황'과 '2009년 R&D 예산 집행현황' 자료를 분석한 결과 이같이 나타났다고 밝혔다．
유 의원에 따르면 식약청은 2006년 414건(438억원), 2007년 486건(490억원), 2008년 511건(514억원), 2009년 411건(495억원), 2010년 340건(520억원)으로 과제당 평균 1억원 이상의 예산을 집행하고 있지만, 그 중 기술료로 수입을 받는 연구과제는 단 1건(96만원)에 불과했다．
유 의원은 '의약품 등 안전관리' 사업의 경우 프로그램 목적에 맞게 의약품과 관련한 연구를 수행해야 함에도 불구하고 '의료기기 효율적 선진관리를 위한 제도개선 방안 연구(5000만원)' 등 6개 연구과제(3억 7000만원)를 수행했다고 지적했다．
또 '오송 이전과 관련한 연구용역', '식약청의 홍보물 제작', '식약청의 역할 마련' 등 R&D 사업에 부합하지 않은 연구과제를 수행하기 위해 예산을 별도로 편성했고, '정책홍보자료의 체계적 관리 및 공유·활용 시스템 구축' 등의 연구과제를 지정계약으로 추진해 지정계약의 취지에 부합하지 않는다고 꼬집었다．
유 의원은 "다양한 연구사업을 추진해야 하는 식약청의 업무특성은 이해하지만 지난 5년간 총 2162건의 R&D 사업 중 기술료를 받는 사업이 단 1건에 불과한 것은 납득하기 어렵다"며 R&D 사업의 목적을 재검토할 필요가 있다고 밝혔다．
또 "일반 기업은 기업경쟁력을 강화하고 미래 산업을 선점하기 위해 R&D 사업에 예산을 투자한다"며 "식약청은 선진화·표준화·고시개정 등의 정책연구만을 반복하기 보다는 국제경쟁력을 강화시킬 수 있는 사업에 R&D 예산을 늘려가길 바란다"고 주장했다．
