또한 건강보험공단 비리 문제는 내부적으로 입소문을 통해 알려졌음에도 불구하고 자체 감사조차 제대로 이뤄지지 않아 공기관으로서 치명적인 오점을 남기게 됐다.
건강보험공단에 따르면 이번 검찰 수사에서 4명이 인사비리 혐의, 2명이 납품비리 혐의로 구속(1명은 불구속)됐으며, 나머지 3명은 인사비리와 납품비리 혐의를 모두 받았다．
특히 이번 사건은 2000년 건강보험공단이 통합된 직후에 집중적으로 발생한 것으로 통합공단 조직관리에 커다란 구멍이 나 있음을 간접적으로 보여주고 있다.
또한 2000년 이후 1, 2급으로 승진한 인사가 275명인 것과, 승진 시 대상자가 3배수까지 포함된 것을 고려하면 비리 연루자는 더 많은 것으로 알려지고 있다．
비리사건과 관련 건강보험공단 한 관계자는 "1, 2급 승진 대상자를 불안하게 만든 다음 금품을 요구하고, 해고통보와 다름없는 인사 발령 등으로 협박을 한 후 금품을 요구한 것은 강도행위나 마찬가지"라고 말했다.
그러나 이번 비리사건에 대해 건강보험공단과 사회보험노조는 "예상했던 것보다 클 줄은 몰랐다"는 입장을 보이고 있어 인사청탁 등에 무감각한 것이 아니냐는 지적을 받기도 했다．
더군다나 일각에서는 사회보험노조가 "사태의 심각성을 알고 있었음에도 불구하고 의료계의 약용소지를 우려해 뒤늦게 공개할 수밖에 없었다"고 밝힌 부분은 떳떳하지 못한 것이라고 지적했다.
이들에 따르면 "공단과 사회보험노조는 자신들의 문제는 감싸고 대신 의료계의 일부의 문제를 전체로 확대해석했던 것에 대한 반성의 모습이 보이지 않음은 물론 그동안 이러한 문제가 있었던 것을 알면서도 자체적으로 개선시키지 못하고 검찰조사 결과가 나온 후에야 폭로를 한 것에 배신감을 느낀다"고 말했다.
한편, 건강보험공단은 지난 4일 복지부장관으로부터 자체 특별감사 지시를 받은 뒤 수일 내에 비리와 관련된 직원을 대상으로 철저한 조사를 벌이겠다는 계획이다.
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