공단은 국민건강보험법에 의해 건강보험 보험자로서의 업무를 관장하기 위해 설립된 법인이며, 주수입원은 국민이 납부하는 보험료다． 따라서 공단은 보험료의 합리적이고 효율적인 운용을 위해 노력하는 것은 당연하다．
이처럼 공단의 핵심기능이 보험료징수와 급여비 지급임에도 불구하고 방만한 운영으로 건강보험에 대한 국민의 불만이 많다． 재정압박으로 허덕이고 있는 의료보험에서 관리운영비가 과다지출되고 있다면 마땅히 바로 잡아야 한다．
공단은 234개 시·군·구에 227개 지사를 갖고 있는데 이는 국민연금공단 80개지사, 세무서 104개, 지역교육청 180개에 비해 엄청나게 많은 수치다． 이러다보니 관리운영비로 지난해 6903억원을 사용했다． 우리나라의 공단관리운영비는 5．5% 수준으로 OECD 국가에 속한 일본 2．2%·캐나다 2．0%·프랑스 1．8%에 비해 아직도 높은 편이다．
가입자 자격관리와 보험료 부과 등 공단의 주요업무가 전산화되어 지사의 업무량이 감소됐다． 민원업무도 가입자가 직접 방문하지 않아도 통신 처리가 가능하다． 그런데도 공단은 지사를 통폐합하지 아니하고 종전의 시·군·구별 1지사 설치 원칙을 고수하고 있다． 지사 설치 기준을 재설정하여 소규모 지사 및 행정구역 인접 지사 등을 통폐합 조치를 통해 민원업무가 원활히 처리될 수 있도록 탄력적인 운영이 필요하다．
인력운영에도 문제가 많다． 노동조합 전임자가 정부기준 11명 보다 무려 67명이 많은 78명으로 연간 인건비만도 27억을 사용하고 있으며, 대법원에서 금고이상의 형이 확정되어 당연퇴직의 사유가 발생한 노조간부도 근무하고 있다． 이처럼 있으나 마나한 제멋대로의 규정으로 어떻게 업무의 내실화를 기할 수 있겠는가．
보험료의 효율적인 운용을 포함한 공단의 건전한 경영에 대한 감시를 강화할 필요가 있다． 이를 위해 내부통제제도 이외에 가입자와 의료공급자인 외부의 이해관계자가 감시할 수 있는 장치가 마련돼야 한다．
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