국회 재정경제위원회와 재정경제부는 '신약개발 활성화를 위해 R&D세제혜택을 확대해 달라'는 한국제약협회의 국회 청원을 수렴, 조세특례제한법 개정을 통해 기업의 연구 인력 개발비에 대한 감세확대 방안을 적극 추진중인 것으로 알려졌다.
재정경제부는 이를 위해 중소기업의 경우 R&D투자 부분에 대해 최저한세율 적용을 배제하는 방안을, 대기업은 R&D활동이 석 박사급의 핵심인력을 중심으로 이루어지는 점을 감안해 핵심 연구인력 인건비에 대해 최저한세 적용을 배제하는 방안을 추진중인 것으로 알려졌다.
기업의 납부세금이 지나치게 낮아지는 것을 방지하기 위한 제도인 최저한세와 관련, 현행 조세특례제한법에 따르면 기업은 각종 공제와 감면을 받더라도 기업소득의 일정율(대기업 15% 중소기업 12%)을 반드시 납부해야 한다. 그러나 연구 인력 개발비 부분에 대한 최저한세 적용이 배제될 경우 기업의 세금부담이 그만큼 줄어든다.
예를 들어 수입 10억원 비용 9억원(R&D비용 7,000만원 포함)으로 소득이 1억원인 중소기업의 경우 법인세는 소득액의 15%인 1,500만원에서 세액공제액 1,050만원을 뺀 450만원이지만 최저한세 12%가 적용돼 1,200만원을 납부해야 한다. 그러나 조세특례제한법이 개정돼 R&D 세액공제액 1,050만원(0.7억원×15%)에 대한 최저한세 적용이 배제되면 450만원만 납부하면 된다.
지난 4월 신약개발인프라 구축 신약연구개발촉진법 제정 등을 국회에 청원한 바 있는 제약협회는 "국회와 정부가 R&D투자에 대한 국가적 마인드를 재정립하고 R&D투자에 적극적인 기업의 사기를 진작시켰다는 점에서 큰 의미가 있다"며 이같은 조치에 환영을 표했다. 그러나 최저한세 배제를 3년간 한시적용하고 대기업의 경우 핵심연구인력개발비로 한정한 것과 관련, "3년 한시적용을 영구화하고 대기업의 R&D투자부분도 최저한세 배제대상에 포함시켜 연구개발 투자를 진작시켜야 할 것"이라고 강조했다.
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