이날 재판부는 독점규제 및 공정거래법 위반 혐의에 대해 "휴폐업 결의가 개별사업자들의 자발적인 의지에 의한 것이었고 공정한 시장경쟁을 저하시키려는 의도가 없는 만큼 헌법에 보장된 약사법 개정권 청구행위로 봐야 한다"는 변론의 요지를 전제하고 "그러나 의쟁투와 같은 집단파업을 위한 특별기구를 설치하고 수차례에 걸쳐 회의를 열어 파업을 결의한 것이 인정되며 휴업동참을 위해 압력을 행사, 구성 사업자들을 부당 제한하는 등 집단적인 의견표출로 보기 어렵다며 유죄를 선고한다"고 밝혔다.
대전협과 공모, 병원의 업무를 방해했다는 혐의에 대해서는 "대전협은 독자적인 의사결정 기구를 가지고 있는 단체로 이번 파업은 노동쟁의와는 다른 성격의 것이며 병원장들의 사전양해가 있었다고 변호인들이 주장하고 있으나 대전협과 의협 집행부와의 공조체제가 밀접한 것으로 확인되고 이번 파업이 노동자들의 쟁위와 다른 성격의 것으로 보기 어려울뿐 아니라 병원장들의 적극적인 제지가 없을 뿐 양해가 있었다고 보기 어렵다"며 유죄를 선고했다.
업무개시 위반에 관해서는 "의료계가 적법한 폐업절차를 밟았다고 하나, 적법한 폐업처리가 되지 않았고 파업사태 이후, 일부 피고는 고용의를 통해 업무를 개시하고 있는 것을 볼때 지난 파업은 일시적인 휴업으로 봐야 한다고 지적하고 피고인들을 포함한 관계인들이 피신을 하는 등 업무개시 명령전달을 회피했으나 언론매체를 통해 업무개시 명령을 인식했음을 인정, 유죄를 선고한다"고 밝혔다.
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